Самый крупный образовательный проект Фонда, существующий с 2000 года. Программа объединяет профессионалов из сферы высшего образования и смежных областей, готовых сделать свой вклад в развитие общества и обеспечивать устойчивость изменений.

Благотворительный фонд В. Потанина составил комплексный рейтинг ведущих российских вузов по итогам Федеральной стипендиальной программы 2004/05 учебного года. В качестве критериев оценки в рейтинге были взяты интеллектуальный и личностный потенциал студентов и профессиональный уровень молодых преподавателей. По условиям Федеральной стипендиальной программы участвовать в ней могут студенты дневных отделений, имеющие только отличные результаты за две последние сессии, и преподаватели, которых выдвигает ученый совет вуза, поэтому в рейтинге отражена оценка студентов и педагогов, которых сами вузы считают лучшими.
Федеральная стипендиальная программа охватывает 11 московских и 56 ведущих государственных университетов из всех федеральных округов. По результатам конкурсных отборов в 2004/05 учебном году стипендиатами стали 1330 студентов этих вузов, гранты получили 133 молодых преподавателя. В отборах приняли участие 14 492 студента-отличника и 327 преподавателей. Конкурсные состязания проводились в течение учебного года по одним и тем же методикам, что позволило сравнить студентов и преподавателей из разных вузов и регионов.
Лидером рейтинга второй год является Воронежский государственный университет.
Высшие позиции рейтинга заняли:
- Воронежский государственный университет;
- Санкт-Петербургский государственный политехнический университет;
- Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова;
- Московский физико-технический институт (государственный университет) – МФТИ;
- Нижегородский государственный лингвистический университет им. Н. А. Добролюбова.