Самый крупный образовательный проект Фонда, существующий с 2000 года. Программа объединяет профессионалов из сферы высшего образования и смежных областей, готовых сделать свой вклад в развитие общества и обеспечивать устойчивость изменений.

Благотворительный фонд В. Потанина составил собственный комплексный рейтинг ведущих российских вузов по итогам Федеральной стипендиальной программы 2006/07 учебного года.
Его особенность состоит в том, что в качестве критериев оценки вузов взяты интеллектуальный и личностный потенциал студентов и профессиональный уровень молодых преподавателей.По условиям программы ее участниками могли стать студенты дневных отделений, имеющие только отличные оценки за две последние сессии, и молодые преподаватели, которых выдвигал ученый совет вуза, т.е. те, которых сами вузы оценивали как лучших.
Федеральная стипендиальная программа охватывает 11 московских и 56 ведущих государственных вузов из всех федеральных округов. По результатам конкурсных отборов в 2006/07 учебном году стипендиатами стали 1320 студентов, гранты получили 132 молодых преподавателя. В отборах приняли участие 16 769 отличников и 334 преподавателя. Конкурсные состязания проводились в течение учебного года по одним и тем же методикам, что позволило сравнить студентов и преподавателей из разных вузов.
Высшие позиции рейтинга в этом году заняли:
- Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова;
- Санкт-Петербургский государственный университет;
- Воронежский государственный университет;
- Уральский государственный университет им М.А. Горького (Екатеринбург);
- Саратовский государственный университет им. Н.Г. Чернышевского.
Данный рейтинг Благотворительный фонд В. Потанина будет использовать при определении вузов-участников программы на 2007/08 учебный год.