Самый крупный образовательный проект Фонда, существующий с 2000 года. Программа объединяет профессионалов из сферы высшего образования и смежных областей, готовых сделать свой вклад в развитие общества и обеспечивать устойчивость изменений.

30 июня были объявлены итоги открытого конкурса образовательных проектов 2005/06 учебного года по отбору студентов в рамках федеральной стипендиальной программы В. Потанина.
Решением Экспертного совета победителем конкурса стал Центр интенсивных технологий обучения (Москва). ЦИТО проведет конкурсные отборы среди студентов 67 ведущих российских вузов. Победители конкурсов станут обладателями ежемесячной стипендии Благотворительного фонда В. Потанина в течение 2005/06 учебного года.
4 июля были объявлены итоги открытого конкурса по выбору партнера для проведения деловых игр среди стипендиатов федеральной стипендиальной программы Благотворительного фонда В. Потанина в 2005/06 учебном году. Решением Экспертного совета победителем конкурса стал консорциум в составе Фонда развития некоммерческих организаций «Школа НКО» (Москва) и компании «ЕВМ» (Санкт-Петербург).