Самый крупный образовательный проект Фонда, существующий с 2000 года. Программа объединяет профессионалов из сферы высшего образования и смежных областей, готовых сделать свой вклад в развитие общества и обеспечивать устойчивость изменений.

В Российском православном университете св. Иоанна Богослова прошел пилотный конкурсный отбор в рамках федеральной стипендиальной программы В. Потанина.
В конкурсе приняли участие студенты разных курсов и факультетов, обучающиеся на «отлично» и «хорошо».
По итогам двух туров победителями стали студенты факультета журналистики Николай Волков и Ксения Рындач, обучающиеся на юридическом факультете Илья Зуев и Вера Мельничук, студенты философско-богословского и экологического факультетов Сергей Мельник и Евгения Простокишина. В течение года они будут получать стипендию Благотворительного фонда В. Потанина в размере 2000 рублей в месяц. Университет учрежден по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II отделом религиозного образования и катехизации Московского Патриархата и Ассоциацией исторических малых и средних городов России в 1993 году. В университете обучаются около 600 студентов, работают свыше 150 преподавателей.