Самый крупный образовательный проект Фонда, существующий с 2000 года. Программа объединяет профессионалов из сферы высшего образования и смежных областей, готовых сделать свой вклад в развитие общества и обеспечивать устойчивость изменений.

Студенты Российского Православного университета св. Иоанна Богослова, обучающиеся на «отлично» и «хорошо», приняли участие в пилотном конкурсном отборе в рамках Федеральной стипендиальной программы В.Потанина.
По итогам двух туров победителями конкурса стали студенты философско-богословского факультета Александр Гостев и Олег Негреев, обучающиеся на факультете журналистики Александр Брыксин и Николай Волков, студенты юридического факультета Мария Голубева и Илья Зуев. В течение года они будут получать стипендию Благотворительного фонда В. Потанина в размере 2000 рублей в месяц.
Университет учрежден по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II отделом религиозного образования и катехизации Московского Патриархата и Ассоциацией исторических малых и средних городов России в 1993 году. В университете обучаются около 600 студентов, работают свыше 150 преподавателей.